Molekulardynamik (MD) ist eine computergestützte Methode, die verwendet wird, um das Verhalten von Molekülen über die Zeit zu simulieren, indem die Wechselwirkungen zwischen Atomen berechnet werden. Bei der Protein-Faltung handelt es sich um den Prozess, durch den ein Protein seine funktionelle dreidimensionale Struktur annimmt, nachdem es als Kette von Aminosäuren synthetisiert wurde. In der MD-Simulation wird das Protein als ein System von Atomen betrachtet, und die Kräfte zwischen diesen Atomen werden durch physikalische Gesetze beschrieben, typischerweise mithilfe von Potentialfunktionen wie dem Lennard-Jones-Potential oder den Coulomb-Kräften.
Die Simulation ermöglicht es Wissenschaftlern, wichtige Aspekte der Faltung zu untersuchen, einschließlich der energetischen Stabilität verschiedener Konformationen und der Dynamik der Faltungswege. Durch die Analyse der resultierenden Trajektorien können Forscher Erkenntnisse gewinnen über die kinetischen Barrieren, die während des Faltungsprozesses überwunden werden müssen, sowie über die Einflüsse von Umgebungsbedingungen wie Temperatur und Druck auf die Faltungseffizienz.
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